北京吴英恺医学发展基金会会徽以心形和鹰的形象为主要元素进行设计。
　　图案上方为一只展翅翱翔的雄鹰，代表积极、向上、进取之意。“鹰”与“英”谐音，同时鹰的翅膀形成了字母“K ”的形状，与吴英恺院士名字中“恺”相契合。心形和心电图是心血管医学的特征，心电图主波为“M”型，与“医学”的英文“Medical”相对应，表达北京吴英恺医学发展基金会支持和促进医学事业发展的决心。本设计以简洁，动感的笔触塑造出心的形状，象征着吴英恺院士为我国医学事业特别是心血管领域所做的贡献以及他的博大爱心。
　　会徽整体简洁、醒目，通过厚重的文化感达到坚实、向上、诚信、和谐的效果，充分体现基金会 “为弘扬和传承吴英恺院士的高尚医德和治学精神，为促进医疗卫生事业和人民健康事业的发展而共同奋斗”的宗旨。